越境ECで海外向けに商品を販売する場合、日本国内の取引と大きく異なる点として、消費税の免税・還付があります。
原則として、日本国内から国外へ商品を輸出する取引には消費税が課されないため、条件を満たせば「免税」や「還付」を受けられる一方、手続きや書類に不備があると還付が否認されてしまうケースも少なくありません。
とくに発送代行会社を利用している場合、「輸出者は誰か」「どの書類を用意すべきか」といった点を正しく理解していないと、思わぬ税務リスクにつながります。
本記事では、越境ECにおける消費税の基本的な考え方から、免税・還付の仕組み、注意すべきポイント、必要書類までをわかりやすく解説します。
越境ECにおける消費税の取扱い
越境ECとは、Webを通じて日本国内の商品を海外の消費者に向けて販売することです。
実は、海外の顧客に対して商品を販売する場合、日本国内の顧客に販売するときとは、消費税の取り扱いが異なります。
以下では、輸出取引の免税と還付について解説します。
輸出取引の免税とは
輸出取引の免税とは、日本国内から国外へ商品を輸出する取引について、消費税を課さない制度のことです。
通常、事業者が商品を販売する際には、消費税がかかりますが、販売が輸出取引にあたる場合は消費税が免除されます。
これは日本における消費税が内国消費税であることによるもので、外国で消費されるものには課税しないという原則があるためです。
免税制度における消費税の還付について
輸出取引は消費税の免税対象と定められていますが、自動的に適用されるわけではありません。
輸出取引は消費税の免税売上となるため、一定の要件を満たして申告を行うことで、仕入れにかかる消費税について還付を受けられる場合があります。
消費税の免税制度においては、仕入れにかかる消費税と、売上時の消費税の差額が還付対象となります。
輸出取引であると認められる場合、売上時の消費税はゼロとなり、仕入れに対して支払った消費税が還付されるという形になります。
発送代行会社を利用すると消費税還付が認められない?

越境ECでは、発送業務を自社で行わず、発送代行会社を利用するケースも少なくありません。
しかし、発送代行会社を利用している場合に、後々税務調査が入った際、消費税還付が取り消されるケースがある点には注意が必要です。
結論からいえば、発送代行会社を利用していること自体が問題になるわけではありません。
以下では、発送代行会社を利用していて、消費税還付が認められないケースについて解説します。
輸出許可通知書の輸出者の名義には要注意
発送代行会社を利用していて、消費税還付が認められないケースのうち、原因のほとんどは輸出許可書の輸出者の名義にあります。
前提として、輸出免税の適用を受けるには、自社が輸出者であることを証明できなければいけません。
しかし、発送代行会社を利用していると、輸出許可通知書の輸出者欄には発送代行会社の名前が記載されることが多いです。
この場合、税務署からは「実際に輸出したのは発送代行会社である」と判断されるおそれがあります。
その結果、自社は輸出免税の要件を満たしていないという理由から、消費税還付が否認されてしまいます。
消費税輸出免税不適用連絡一覧表の作成が必要
前述のケースにおいて、自社が輸出免税を受けるには「消費税輸出免税不適用連絡一覧表」の作成が必要です。
消費税輸出免税不適用連絡一覧表は、輸出許可通知書に記載された輸出者(発送代行会社)は名義を貸して輸出手続きをした代行者であり、実際の輸出者は自社であることを示す書類です。
一覧表を作成・保存しておくことで、輸出申告書の名義が発送代行会社であっても、実質的な輸出者が自社であることを税務署に対して証明でき、消費税の免税適用を受けられるようになります。
越境EC事業者が消費税還付を受けるための要件

越境EC事業者が消費税の還付を受けるためには、以下の要件をすべて満たす必要があります。
- 課税事業者であること
- 原則課税で申告計算していること
- 輸出免税に該当する売上であること
- 確定申告で還付申告を行うこと
続いて、それぞれの要件について解説します。
課税事業者であること
消費税の還付を受けるには、原則として課税事業者である必要があります。
消費税の還付は、仕入れなどで他社に支払った消費税額が、販売時に自社が預かった消費税額よりも大きい場合に、払い戻しを受けられる制度です。
免税事業者の場合、そもそも消費税の納税義務がないため、還付も受けられません。
原則課税で申告計算していること
消費税の計算方法には、原則課税と簡易課税があり、簡易課税の場合には実際に支払った消費税額ではなく、みなし仕入率に基づいて計算します。
課税売上げに係る消費税額に対し、あらかじめ決められたみなし仕入率を乗じて、最終的な納税額が決定される仕組みであることから、消費税の還付を受けることはできません。
還付を受けるには、原則課税方式で申告していることが条件となります。
輸出免税に該当する売上であること
越境EC事業者が消費税還付を受けるには、売上が輸出免税取引に該当することが前提です。
日本国内から海外への商品の輸出であれば、輸出免税取引の対象となることが一般的ですが、輸出の事実や自社が輸出者であることなどを証明する書類が求められます。
確定申告で還付申告を行うこと
消費税の還付は自動的に行われるものではなく、確定申告時に還付申告を行う必要があります。
申告書類に不備があると還付が遅れたり、否認されたりすることもあるため、注意しましょう。
越境ECにおける消費税還付の申請手続き・必要書類

消費税還付を受けるには、所轄税務署に対して消費税の確定申告を行います。
法人の場合は事業年度終了日の翌日から2か月以内、個人事業主の場合は原則として翌年3月31日までに申告を行う必要があります。
主な提出書類は以下のとおりです。
- 消費税及び地方消費税の確定申告書
- 付表2「課税売上割合・控除対象仕入税額等の計算書」
- 消費税の還付申告に関する明細書
これらの書類により、還付対象となる取引内容や金額を明確にし、税務署による内容確認の結果、後日指定口座へ還付金が振り込まれます。
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